La estructura orgánica del IIDEPROQ consta de cuatro niveles jerárquicos: i) el consejo técnico, ii) la dirección del instituto, iii) los comités y la administración y iv) las unidades: de investigación, que incluye a las áreas y grupos de investigación, la unidad de servicios y la unidad de posgrado.
Estos niveles se detallan en el siguiente gráfico:
